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Text File  |  1995-07-25  |  2.4 KB  |  52 lines
  1. *******************************
  2. * Fork head domain signatures *
  3. *******************************
  4.  
  5. It has been shown [1]  that  some  eukaryotic  transcription factors contain a
  6. conserved  domain of    about  100  amino-acid  residues, called the fork head
  7. domain, which  is  involved in DNA-binding [2]. Proteins known to contain this
  8. domain are listed below.
  9.  
  10.  - Drosophila fork head protein (fkh). Fkh is probably a transcription  factor
  11.    that regulates the expression of genes involved in terminal development.
  12.  - Drosophila proteins FD1, FD2, FD3, FD4, and FD5 [3].
  13.  - Drosophila  proteins  sloppy  paired  1  and  2 (slp1 and slp2) involved in
  14.    segmentation.
  15.  - Mammalian  transcriptional  activators  HNF-3-alpha, -beta, and -gamma. The
  16.    HNF-3 proteins interact with the cis-acting  regulatory regions of a number
  17.    of liver genes.
  18.  - Mammalian  interleukin-enhancer  binding  factor  (ILF).  ILF  binds to the
  19.    purine-rich NFAT-like  motifs  in  the  HIV-1  LTR  and  the  interleukin-2
  20.    promoter.  ILF may be involved in both  positive and negative regulation of
  21.    important viral and cellular promoter elements.
  22.  - Mammalian  transcription  factor  BF-1 which plays an important role in the
  23.    establishment  of  the regional subdivision of the developing brain and  in
  24.    the development of the telencephalon.
  25.  - Human HTLF, a protein that binds  to the purine-rich region in human T-cell
  26.    leukemia virus long terminal repeat (HTLV-I LTR).
  27.  - Xenopus XFKH1, a protein essential for normal axis formation.
  28.  - Caenorhabditis  elegans  lin-31;  involved in the regulation of vulval cell
  29.    fates.
  30.  - Yeast HCM1, a protein of unknown function.
  31.  
  32. The fork domain is highly conserved.  We have  developed  two patterns for its
  33. detection. The first is a hexapeptide located at the N-terminal of the domain;
  34. the second is a heptapeptide located in the central section of the domain.
  35.  
  36. -Consensus pattern: K-P-P-[FY]-S-[FY]
  37. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  38. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  39.  
  40. -Consensus pattern: W-[QK]-N-S-[LIV]-R-H
  41. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  42. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  43.  
  44. -Last update: June 1994 / Text revised.
  45.  
  46. [ 1] Weigel D., Jaeckle H.
  47.      Cell 63:455-456(1990).
  48. [ 2] Clark K.L., Halay E.D., Lai E., Burley S.K.
  49.      Nature 364:412-420(1993).
  50. [ 3] Haecker U., Grossnilaus U., Gehring W.J., Jaeckle H.
  51.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89:8754-8758(1992).
  52.